Emil Theodor Kocher (ur. 25 sierpnia 1841 w Bernie, zm. 27 lipca 1917 tamże) – szwajcarski chirurg, laureat Nagrody Nobla w 1909 roku.
Studiował w Zurychu, Berlinie, Londynie i Wiedniu, w 1865 obronił doktorat w Bernie. W latach 1872-1911 był profesorem uniwersytetu w Bernie. Opracował wiele nowych metod operacyjnych – żołądka, pęcherzyka żółciowego, jelita grubego i tarczycy, a także wprowadził nowe narzędzia chirurgiczne własnej konstrukcji (kleszczyki chirurgiczne, zgłębnik). Autor podręcznika chirurgii operacyjnej Chirurgische Operationslehre (1892).
W 1909 otrzymał Nagrodę Nobla w dziedzinie medycyny z badania dotyczące fizjologii, patologii i chirurgii tarczycy.