Po opuszczeniu więzienia udał się na Wołyń, gdzie był współtwórcą Liceum Krzemienieckiego. W latach 1807–08 podejrzany o kontakty z Napoleonem, został wywieziony i przetrzymywany w Moskwie przez Rosjan. W latach 1809-1812 był członkiem rzeczywistym Towarzystwa Warszawskiego Przyjaciół Nauk.
Hugo Kołłątaj herbu Kotwica (ur. 1 kwietnia 1750 w Dederkałach Wielkich na Wołyniu, zm. 28 lutego 1812 w Warszawie) – polski polityk, publicysta oświeceniowy, katolicki prezbiter, kanonik, satyryk, geograf, w latach 1783 –1786 rektor Szkoły Głównej Koronnej, referendarz wielki litewski od 1786, podkanclerzy koronny od 1791, radca wydziału skarbu Rady Najwyższej Narodowej w 1794 roku.
W rozprawie politycznej Do Stanisława Małachowskiego [...] Anonima listów kilka sformułował plan reformy państwowej mający swój wyraz w konstytucji 3 maja, po której uchwaleniu Kołłątaj został mianowany podkanclerzym koronnym (1791) i założył Zgromadzenie Przyjaciół Konstytucji Rządowej. W czasie wojny polsko-rosyjskiej na zebraniu 23 lipca 1792 roku nakłaniał króla Stanisława Augusta Poniatowskiego do jak najszybszego przystąpienia do konfederacji targowickiej, do której sam się przyłączył. Wystraszony postawą tłumów, które protestowały przeciwko akcesowi do konfederacji, uciekł w nocy z 24 na 25 lipca ze stolicy.
Przygotowywał i uczestniczył w insurekcji kościuszkowskiej, wchodząc w skład Rady Najwyższej Narodowej, obejmując w niej Wydział Skarbu i prezentując bardziej radykalne poglądy niż w okresie Konstytucji 3 Maja. Pod koniec powstania kościuszkowskiego po szturmie Pragi 4 listopada 1794 Hugo Kołłątaj potajemnie opuścił Warszawę. Na emigracji, 6 grudnia 1794 został aresztowany z rozkazu starosty sanockiego Luegera w Radymnie, w drodze przez Galicję i Węgry do Wenecji, i osadzony w areszcie w Przemyślu. Następnie przebywał w więzieniu ołomunieckim, gdzie w latach 1802-1808 napisał wielkie dzieło natury geograficznej "Rozbiór krytyczny zasad historii o początkach rodu ludzkiego". Dzieło to zostało wydane w trzech tomach jednak dopiero w 1842 i było ono znakomitym na ówczesne czasy systemem geografii ogólnej, pełnym świeżych i twórczych myśli. Kołłątaj jasno określał pojęcie czasu geologicznego i analizę procesów geologicznych, w czym wyprzedził Charlesa Lyella, a analizą wpływów środowiska na społeczeństwo dał podwaliny pod system antropogeografii wyprzedzając tym sposobem m.in. Friedricha Ratzela.
Urodzony w rodzinie szlacheckiej, początkową edukację odebrał w szkołach w Pińczowie, a następnie kształcił się na Akademii Krakowskiej, gdzie uzyskał stopień doktora filozofii (1768). W latach 1770–74 studiował w Wiedniu, a później w Rzymie, gdzie uzyskał doktorat z prawa i teologii oraz przyjął święcenia kapłańskie. Po powrocie do Polski został kanonikiem krakowskim. Był kapłanem w Pińczowie i Krzyżanowicach Dolnych, działaczem Towarzystwa do Ksiąg Elementarnych i Komisji Edukacji Narodowej oraz twórcą planu rozbudowy szkół w całym kraju. W latach 1777–80 z ramienia KEN dokonał reformy Akademii Krakowskiej – wprowadził między innymi wykłady z nauk przyrodniczych i literatury polskiej, umożliwił dostęp do nauki studentom pochodzącym z mieszczaństwa, uporządkował sprawy majątkowe akademii, a także umożliwił rozwój postępowych idei i poprawił poziom naukowy uczelni. W latach 1782–86 pełnił funkcję rektora.
Jako publicysta zajmował się przede wszystkim nauką, oświatą i wychowaniem, a jego prace poruszające sprawy społeczne i władzy państwowej były podstawą Konstytucji 3 Maja. Postulował:
Pozostawił po sobie wiele utworów publicystycznych, niektóre z nich to:
Uczestniczył w tworzeniu konstytucji 3 maja. W czasie Sejmu Czteroletniego należał do najaktywniejszych działaczy stronnictwa patriotycznego. 29 kwietnia 1791 roku przyjął obywatelstwo miejskie na Ratuszu Miasta Warszawy.
Ostatnie lata życia przebywał w Księstwie Warszawskim. Zmarł w samotności po długiej i ciężkiej chorobie. Został pochowany na warszawskich Powązkach, ale urna z jego sercem została złożona w kościele w Wiśniowej, gdzie mieszkał jego brat Rafał Kołłątaj.
Do Warszawy przeniósł się w 1779 roku i zgromadził tam prężny zespół publicystów zwany kuźnicą kołłątajowską, w którym działali m.in. Franciszek Ksawery Dmochowski i Franciszek Salezy Jezierski. Krytykowali oni przestarzałą strukturę polityczną i społeczną Rzeczypospolitej. W 1786 został odznaczony Orderem Świętego Stanisława, a w 1791 został kawalerem Orderu Orła Białego.
Hugo Kołłątaj jest patronem Uniwersytetu Rolniczego w Krakowie.