Za czasów siogunatu Tokugawów, w czasie wewnętrznej izolacji kraju od 1639 r. do epoki Meiji, Nagasaki było jedynym portem, w którym Japończycy mogli się kontaktować z cudzoziemcami (poprzez faktorię Dejima). Początkowo obsługiwane przez Portugalczyków, potem Holendrów, Koreańczyków i Chińczyków.
Na mapach: 32°47′N 129°52′E / 32.783, 129.867
Od początku XX wieku do dziś rozwój przemysłu stoczniowego i związanych z nim branż.
W czasie II wojny światowej 9 sierpnia 1945 r. o godz. 11:02 amerykański pilot Charles Sweeney sterujący superfortecą B-29 Bock's Car zrzucił na Nagasaki drugą bombę atomową (Fat Man), która zabiła 75 tys. ludzi oraz zniszczyła blisko połowę miasta (patrz zdjęcie). Bomba wybuchła dokładnie nad Urakami (przedmieście Nagasaki), nad katedrą Urakami – wtedy największą katedrą w Azji Wschodniej.
Nagasaki (jap. 長崎市, Nagasaki-shi) – miasto w zachodniej części japońskiej wyspy Kiusiu. Pierwotna nazwa: Hirado. Stolica prefektury Nagasaki.
Przez kilkadziesiąt lat po zniesieniu izolacji (do 1903 r.), na mocy wymuszonego traktatu Rosja utrzymywała w Nagasaki bazę swojej dalekowschodniej floty wojennej.
Jeszcze przed wprowadzeniem izolacji w wyniku kontaktów z portugalskimi i hiszpańskimi misjonarzami (jezuici, franciszkanie), a zwłaszcza działalności Franciszka Ksawerego stało się centrum japońskiego chrześcijaństwa. Potem miejsce prześladowań chrześcijan za czasów Toyotomiego Hideyoshiego (ukrzyżowania w 1596) oraz Tokugawów.
Zbombardowane miało zostać miasto Kokura, ale ponieważ było ono zasłonięte przez chmury zdecydowano się zrzucić ją na cel rezerwowy, na Nagasaki.
Konsekwencją prześladowań i następujących po nich powstań chrześcijan było wyrzucenie misjonarzy katolickich oraz popierających ich Portugalczyków. Ich miejsce zajęli zainteresowani jedynie handlem Holendrzy, którzy otrzymali w użytkowanie sztuczną wyspę Dejima w zatoce Nagasaki.
W przeciwieństwie do uranowej bomby Little Boy zrzuconej na Hiroshimę bomba Fat Man, która spadła na Nagasaki była wykonana z plutonu. Jednym z celów bombardowania było porównanie skutków niszczących obu typów bomb.