Jeżeli cokolwiek zagraża stanowiskom gatunków chronionych (nawet czynnik naturalny, np. sukcesja roślinności) to wojewoda jest obowiązany podjąć odpowiednie działania dla zabezpieczenia stanowiska. Na liście roślin chronionych są wskazane te gatunki, które zwykle wymagają ochrony czynnej.
Ochrona gatunkowa grzybów - analogicznie do ochrony gatunkowej roślin i zwierząt - to prawny sposób zabezpieczenia rzadko występujących gatunków dziko rosnących grzybów zagrożonych wyginięciem. Obecnie obejmuje to również porosty, ponieważ zgodnie z aktualną systematyką są one zaliczane do grzybów.
Polska jest pionierem ochrony gatunkowej grzybów. Ochronę 21 najrzadszych gatunków grzybów wprowadziła w 1983 r. jako pierwsze państwo w Europie. Obecnie podstawą prawną określającą szczegóły ochrony gatunkowej grzybów jest Rozporządzenie Ministra Środowiska z 9 lipca 2004 (Dz. U. Nr 168, poz. 1765). Rozporządzenie zawiera między innymi listę gatunków chronionych objętych ochroną ścisłą (całkowitą) bądź ochroną częściową. Ochronie ścisłej podlegają 52 taksony (gatunki lub rodzaje) grzybów i 57 taksonów porostów. Ochronie częściowej podlega 1 gatunek grzyba (włóknouszek ukośny) i 9 gatunków porostów. Dla kilku najrzadszych gatunków porostów dodatkowo wyznacza się strefy ochronne wokół ich stanowisk.
Chronionych grzybów nie wolno zbierać ani niszczyć w inny sposób, niszczyć ich siedlisk, wpływać w jakikolwiek sposób na ich rozwój, sprzedawać, nabywać, wymieniać, darowywać, przetrzymywać, preparować czy też przewozić przez granicę państwa. Dla gatunków ściśle chronionych na odstępstwo od takiego zakazu może wyjątkowo wyrazić zgodę Minister Środowiska, dla gatunków częściowo chronionych - wojewoda. Grzyb włóknouszek ukośny i porost płucnica islandzka mogą za zgodą wojewody być pozyskiwane w ograniczonych ilościach do celów zielarskich.
Ewentualnego zniszczenia grzybów i porostów podczas prowadzenia gospodarki rolnej, leśnej i rybackiej w większości przypadków nie uważa się za naruszenie przepisów o ochronie gatunkowej, choć dla pniarka lekarskiego (Fomitopsis officinalis) wśród grzybów i innych gatunków wśród porostów ten wyjątek nie obowiązuje.
Chronione gatunki grzybów są naprawdę rzadkie, nie ma niebezpieczeństwa pomylenia ich z powszechnie zbieranymi grzybami jadalnymi. Chronione są trzy gatunki borowików, ale wyglądają one zupełnie inaczej niż borowik jadalny. Ze względu na ochronę gatunkową nie wolno zbierać niegdyś jedzonych: smardzy i szmaciaków.