Wśród ssaków można tu spotkać m.in. łosia, jelenia szlachetnego, sarnę, dzika, borsuka, bobra europejskiego, wydrę, jenota, wilka. Od 2003 roku pojawiają się informacje o obserwowaniu rysi, w tym samicy z młodymi. Do tej pory oficjalne dane mówią, że ostatni raz rysia na tym terenie widziano pod koniec lat 80. XX wieku. Ponownie rysie przywędrowały tu z obszaru Puszczy Piskiej, co jest to związane z wichurą, która przeszła tam 4 lipca 2002 roku i zniszczyła kilkanaście tysięcy hektarów lasu, w tym naturalne ostoje tych kotów. Dawniej występowały tu: niedźwiedzie, tury i żubry.
Puszcza Napiwodzko-Ramucka – kompleks leśny o powierzchni 150 km², położony w województwie warmińsko-mazurskim pomiędzy Olsztynem, Olsztynkiem, Nidzicą, Szczytnem i Pasymiem, w powiatach: olsztyńskim, ostródzkim, nidzickim i szczycieńskim. Jest to rozległy kompleks borów sosnowych o powierzchni 117319,9 ha. Poszczególne części puszczy stanowią:
W drzewostanie dominuje sosna, poza tym dość licznie występuje: świerk, brzoza, buk, dąb, grab.
Bagno zwyczajne (Ledum palustre), Bobrek trójlistkowy (Henyanthes trifoliata), Brzoza niska (Betula humilis), Cis pospolity (Taxus baccata), Goździk kosmaty (Dianthus armeria), Grążel żółty (Nuphar lutea), Grzybienie białe (Numphaea alba), Jodła pospolita (Abies alba), Kocanki piaskowe (Helichrysum arenarium), Konwalia majowa (Convallaria majalis), Kopytnik pospolity (Asarum eureopaeum), Kosaciec syberyjski (Iris sibirica), Kruszczyk szerokolistny (Epipactis helleborine), Kruszyna pospolita (Frangula alnus), Kukułka (storczyk) krwista (Dactylorhiza incarnata), Kukułka (storczyk) plamista (Dactylorhiza maculata), Lilia bulwkowata (Lilium bulbiferum), Lilia złotogłów (Lilium martagon), Lipiennik Loesela (Liparis Loeselii), Mącznica lekarska (Arctostaphylos uva-ursi), Naparstnica zwyczajna (Digitalis grandiflora), Orlik pospolity (Aquilegia vulgaris), Paprotka zwyczajna (Polypodium vulgare), Pierwiosnek lekarski (Primulla veris), Płonnik pospolity (Polytrichum commune), Pływacz drobny (Urticularia minor), Podejźrzon rutolistny (Botrychium multifidum), Podkolan biały (Platanthera bifolia), Podkolan zielonawy (Platanthera chloranta), Pomocnik baldaszkowaty (Chimaphila umbellata), Przylaszczka pospolita (Hepatica nobilis), Przytulia wonna (Galium odoratum), Rojownik (rojnik) pospolity (Jovibarba sobolifera), Rosiczka długolistna (Drosera anglica), Rosiczka okrągłolistna (Drosera rotundifolia), Sasanka otwarta (Pulsatilla patens), Sierpiec błyszczący (Drepanocladus vernicosus), Skrzyp olbrzymi (Equisetum telmateia), Storczyk kukawka (Orchis militaris), Wawrzynek wilczełyko (Daphne mezereum), Widłak goździsty (Lycopodium clavatum), Widłak jałowcowaty (Lycopodium annotinum), Widłak spłaszczony (Lycopodium complanatum), Zimoziół północny (Linnea borealis).
Puszcza znajduje się pod nadzorem Regionalnej Dyrekcji Lasów Państwowych w Olsztynie i wchodzi w skład następujących Nadleśnictw: Jagiełek, Jedwabno, Korpele, Nidzica, Nowe Ramuki, Olsztyn, Olsztynek, Szczytno, Wielbark i Wipsowo.
Na obszarze puszczy (planowany Park Krajobrazowy Puszczy Napiwodzko-Ramuckiej) znajduje się 11 rezerwatów przyrody:
Puszcza jest objęta jest Obszarem Chronionego Krajobrazu, ponadto znajduje się tu użytek ekologiczny: Obiekt Stawowy Tylkowo (192,3 ha). Ze względu, że puszcza jest ostoją ptaków o randze europejskiej została objęta Obszarem Natura 2000 Puszcza Napiwodzko-Ramucka (PLB 280007).
Znajduje się tu ponadto wiele małych zbiorników wodnych, lecz oprócz nich występują tu także większe jeziora: Łańskie (1070 ha), Kośno (552 ha) i Omulew (549 ha).
Na bagnistych terenach terenach Lasów Napiwodzko-Ramuckich stwierdzono gniazdowanie 160 gatunków ptaków. Wiele rzadkich gatunków , są to m.in.: bielik, rybołów, orlik krzykliwy, kania czarna, kania ruda, bocian czarny, dudek, kraska, cietrzew, derkacz, lelek, kropiatka, jastrząb,żuraw.
Puszcza Napiwodzko-Ramucka jest pozostałością potężnego kompleksu leśnego rozpościerającego się między Nidzicą, Olsztynem, Giżyckiem, Ełkiem a rzeką Narew – w średniowieczu określanego mianem Puszczy Galindzkiej (od zamieszkującego ją pruskiego plemienia Galindów).
Płazy i gady reprezentują prawie wszystkie krajowe nizinne gatunki, są to m.in.