Linia z Lotniska Chopina do Legionowa ma zostać oddana do użytku 1 czerwca 2012. Większość pociągów linii S3 będzie kursować przez Warszawę Centralną, a omijać stacje Ochota, Śródmieście, Powiśle i Stadion.
Plany rozbudowy SKM (z października 2007, lipca 2008 oraz maja 2009) przewidują powstanie nowych linii (lub przedłużeń istniejących) także do
W sierpniu 2011 Bydgoska PESA dostarczyła 2 z 13 zamówionych składów ELF (27WE). Do czasu uruchomienia linii na Okęcie składy obsługują linię S2, oraz linię S9.
Na przełomie lat 2008 i 2009 wypadła obsługa poziomu 4 utrzymania zespołu 14WE-02, który jako ostatni znany był pod starym oznaczeniem. Powrócił on już przemalowany w barwy komunikacji miejskiej oraz nowymi oznaczeniami jako 102.
W listopadzie 2011 bydgoska PESA dostarczyła 11 z 13 zamówionych pociągów .
Po wojnie kolej stwierdziła, że nie będzie tramwajem, a miasto Warszawa, że nie ma metropolii bez metra, co zapobiegło naturalnemu rozwojowi systemu SKM, mimo zbudowania np. drugiej nawy tunelu średnicowego. Niemniej w okresie gospodarki planowej linię średnicową znacznie rozbudowano i zmodernizowano, a nowy tabor typu 1B/2B, ASEA i 3B/4B (serie PKP EW53, EW54, EW55) także był przystosowany do wysokich peronów, a ilość drzwi zwiększono.
Obecnie realizowana jest rozbudowa systemu SKM, która polega na następujących działaniach:
W okresie od połowy grudnia 2008 do października 2011 w barwach SKM w Warszawie (identyfikator eksploatującego SKMWA) jeździły dwie jednostki EN57 z nietypowymi numerami 3001 i 3002 służącymi jedynie za tymczasowe identyfikatory pojazdu (numery operacyjne odpowiednio 201 i 203), wyprodukowane w 1964 i 1966 oraz zmodernizowane w 2008 w Mińsku Mazowieckim. Są to ezt serii 5B/6B, wyprodukowane swego czasu dla Jugosławii i sprowadzone przez ZNTK Mińsk Mazowiecki. Mają one wymienione czoła i zmodernizowane wnętrza. Pozostawiono w nich rozruch oporowy, a klimatyzację zastosowano jedynie w kabinach maszynisty. Jednostki są pomalowane w nowe barwy SKM w Warszawie (czerwone czoła, kremowe boki z czerwono-żółtym paskiem na dole, boki w pasie okiennym pomalowane na czarno w celu upodobnienia do jednostki 14WE).
Warszawska Szybka Kolej Miejska świadczy usługi na już istniejących trasach kolejowych zarządzanych przez PKP Polskie Linie Kolejowe. Dysponuje taborem kolejowym typu 14WE, 19WE, 27WE i 35WE
Równocześnie z planowanym przedłużeniem linii S2 z Dworca Zachodniego do stacji na lotnisku Chopina w 2012 ma zostać uruchomiona nowa linia z Legionowa przez W-wę Wschodnią i Centralną na lotnisko na Okęciu. Linia ta ma zostać przedłużona w 2012 z Legionowa do będącego w budowie portu lotniczego Modlin w Nowym Dworze Mazowieckim .
Pierwsze próby stworzenia systemu SKM w Warszawie, wzorowanego na takich w ówczesnej Rzeszy Niemieckiej, miały miejsce przed wojną. Od 1937 można mówić o prapoczątkach systemu SKM w Warszawie, w związku z częściową elektryfikacją węzła i wprowadzeniu kursów podmiejskich z częstotliwościami typowymi dla tego typu systemów. 15 grudnia 1936 otwarto trakcję elektryczną na linii do Otwocka i Pruszkowa. 22 maja 1937 oddano do użytku zelektryfikowany odcinek Pruszków – Grodzisk – Żyrardów, a 15 grudnia 1937 uruchomiono pociągi elektryczne do Mińska Mazowieckiego. Zastosowano tabor przystosowany do wysokich (węzłowych) peronów (powojenne serie PKP – EW51 i EW52).
Dopiero pod koniec 2002 padła propozycja eksperta eksploatacji i ekonomistów transportu (m.in. R. Wodzickiego i A. Fularza), by system SKM zorganizować jako przedsiębiorstwo oddzielne od kolei państwowej PKP, tak jak to ma miejsce w niektórych krajach Europy. Chodziło o przerwanie dyskusji na temat różnic taryfowych między PKP i ZTM. W ulotce Polskiego Naukowo-Technicznego Towarzystwa Eksploatacyjnego w Warszawie i referacie na konferencji we Wrocławiu na temat zintegrowanego transportu R. Wodzicki przeciwstawił się (luty-kwiecień 2003) projektowi wydzielenia linii średnicowej jako „kolejki typu metro”. W następstwie, A. Fularz na zorganizowanej wówczas konferencji prasowej przedstawił rozwiązania organizacyjne spotykane w stolicach Europy oraz zaproponował strukturę organizacyjną dla warszawskiej SKM. Kolej miejska była przez opozycję traktowana jako jedna z obietnic przedwyborczych kandydata na prezydenta Warszawy, Lecha Kaczyńskiego, a zakupione pociągi jako straty spowodowane przez niego w czasie rządzenia miastem. Wydarzenia te udokumentowane są w poniżej wymienionej literaturze.
Od około 2000 trwają dyskusje publiczne w prasie warszawskiej i urzędowe w ZTM i SKM na temat przyszłościowego wyglądu systemu SKM w Warszawie.
Szybka Kolej Miejska w Warszawie (w skrócie SKM Warszawa) – przedsiębiorstwo zarządzane przez Zarząd Transportu Miejskiego w Warszawie, obsługujące linie naziemnej szybkiej kolei miejskiej łączącej centrum Warszawy z jej przedmieściami i niektórymi satelickimi miejscowościami. Linie te są zaczątkiem sieci SKM (kolei aglomeracyjnej), obejmującej cały węzeł kolejowy Warszawy. Wraz z Metrem Warszawskim, ma tworzyć sieć komunikacji miejskiej w Warszawie, uzupełnioną przez Warszawską Kolej Dojazdową oraz połączenia Kolei Mazowieckich.
W 1975 zbudowano w nowym miejscu dworzec Warszawa Centralna. Od czasów stanu wojennego i pogłębionego przez niego kryzysu społeczno-gospodarczego system podupadł, zmniejszyła się częstotliwość kursowania pociągów. Niekorzystny wpływ na poziom świadczonych przez kolej usług miały także przemiany ustrojowe, pod koniec lat 90. XX wieku kolej regionalna w Warszawie obsługiwała poniżej 1% realizowanych podróży, a pociągi kursowały zbyt rzadko, przez co pasażerowie woleli skorzystać z innych środków transportu. Dodatkowo, na jej trasach nasiliła się przestępczość, grasowały grupy napadające i ograbiające podróżnych, oraz pojawiło się graffiti na wagonach, stacjach i przystankach. Stopniowo znikały kasowane pociągi wysokoperonowe zastępowane przez „uniwersalne” typu 5B/6B (seria PKP EN57), a rozkład jazdy degenerował się na skutek braku więzi kolei z miastem. Jedyne wówczas wyprodukowane w warunkach niewydolnej gospodarki zespoły wysokoperonowe (serie PKP EW58 i EW60) skierowano do Trójmiasta, gdyż Warszawa nie była postrzegana jako miejsce, gdzie komunikacja kolejowa ma jakieś znaczenie.
Linia powstała w marcu 2010 roku. Do grudnia 2011 roku była obsługiwana przez Koleje Mazowieckie. Obecnie wszystkie kursy realizowane są przez Szybką Kolej Miejską Sp. z o.o..
Linia powstała w lipcu 2006 na trasie Pruszków – W-wa Śródmieście – Sulejówek-Miłosna.
Do 2010 siedziba zarządu SKM mieściła się przy ul. Mińskiej 25. Obecnie ma swoją siedzibę w budynku w al. Jerozolimskich 125-127, w którym mieściła się m.in. redakcja „Expressu Wieczornego”.
Od grudnia 2010 linia kursuje między Sulejówkiem-Miłosną i Dworcem Zachodnim. Trasa ta uległa zmianie, ponieważ w roku rozkładowym 2010/2011 było planowane wydłużenie linii S2 do portu lotniczego im. Fryderyka Chopina w Warszawie. Dzięki zmianie trasy godziny rozkładowe dla nowej trasy są już zarezerwowane i gdy tylko zostanie oddany do użytku tunel oraz stacja pod portem lotniczym linia S2 będzie mogła rozpocząć kursy na swojej docelowej trasie: Sulejówek Miłosna – Port lotniczy im. Fryderyka Chopina. Uruchomienie docelowej relacji zaplanowano na 1 czerwca 2012.
W lutym 2008 w posiadaniu SKM znajdowało się osiem elektrycznych zespołów trakcyjnych typu 14WE, o numerach 14WE-02 (102) oraz 101, 103, 104, 105, 106, 107 i 108. Ezt te zapoczątkowały polski rejestr oznaczeń europejskich dla pojazdów trakcyjnych – serię 212. Aby zapewnić dwuzespołowe składy w marcu 2008 wprowadzono wypożyczone jednostki EN57-960 i EN57-1455 PKP Przewozy Regionalne z Łukowa. W połowie 2009 roku jednostki wróciły do Łukowa.
Na początku SKM Sp. z o.o. w Warszawie wypożyczyła od Szybkiej Kolei Miejskiej w Trójmieście sp. z o.o. ezt EN57-1107, który miał stanowić rezerwę. Po przybyciu zespołu 14WE-01 nakazano rozpoczęcie ruchu przy pomocy zaledwie dwóch pociągów. Awaria jednak wykluczyła 14WE-01 i ruch podjął ezt EN57-1107 w malowaniu trójmiejskim jedynie z naklejkami SKM w Warszawie. Zespół ten wielokrotnie wyjeżdżał na trasę także potem, gdy przychodziły kolejne 14WE. Po przejściu na linię S2 zaszła znów konieczność uzupełnienia dłuższej trasy pojazdami wypożyczonymi, tym razem oklejonymi folią w sposób przypominający malowanie SKM w Warszawie (w takim malowaniu można było spotkać te zespoły potem w Trójmieście). Pierwszym z nich był EN71 (EN71-046) także wypożyczony z trójmiejskiej Szybkiej Kolei Miejskiej. Był to pierwszy skład czterowagonowy na w służbie SKM w Warszawie Musiał on jednak powrócić już po kilku tygodniach na swoją trasę do Słupska. Do Warszawy przybyły wtedy ezt z trójmiejskiej SKM EN57-1718 oraz EN57-880, które powróciły na Wybrzeże po wyprodukowaniu kolejnych zespołów – 14WE-08 i 14WE-09, które jako pierwsze w Polsce były oznakowane numerami europejskimi i miały odpowiednio numery operacyjne eksploatującego – 107 i 108. EN57-880 i EN57-1718 ponownie w 2008 przybyły do SKM Warszawa.
We wrześniu 2011 tabor powiększył się o dalsze zespoły 27WE (w sumie spółka posiada ich 8). Pozwoliło to na zwrot wypożyczonych EN57.
Od września do grudnia 2010 S1 kursowała z Warszawy Wschodniej do Otwocka.
Linia powstała w październiku 2005 na trasie Warszawa Falenica – Warszawa Zachodnia.
W 1963 oddano do użytku nowoczesną, szczególnie jak na tamte czasy, stację Warszawa Śródmieście (w miejscu zburzonego Dworca Głównego) i przystanki Warszawa Ochota, Powiśle oraz Stadion, a także osobny tunel dla pociągów dalekobieżnych.
Dyrektor ZTM poinformował w maju 2011, że mają miejsce działania, mające na celu otwarcie linii SKM do Piaseczna. Uruchomienie linii nastąpi dopiero po stworzeniu przez PKP PLK możliwości zawracania składów w Piasecznie .
W 2010 do taboru SKM dołączyły składy wyprodukowane w nowosądeckim Newagu. Są to EZT 19WE w ilości 4 sztuk, otrzymały one numery operacyjne 301, 302, 303 i 304.
Od grudnia 2010 linia S1 kursuje na trasie z Pruszkowa przez Warszawę Zachodnią i Warszawę Śródmieście do Otwocka przez 7 dni w tygodniu, z częstotliwością 2 składów na godzinę.
Obecnie system SKM jest jednym z najważniejszych środków komunikacji aglomeracyjnej. Postępuje jego włączanie w system transportu miejskiego Warszawy oraz integracja kolejowej komunikacji aglomeracyjnej przez włączenie do niej ruchu regionalnego. Mimo niedoskonałości taboru, rozkładów jazdy, a także torów, komunikacja kolejowa jest najszybszym środkiem komunikacji w aglomeracji osiągając prędkość handlową 40 km/h.