Najważniejszym wydarzeniem w dziejach Harvardu w drugiej połowie XIX wieku były zmiany wprowadzone przez Charlesa Williama Eliota, prezydenta Uniwersytetu w latach 1869-1909. Zmusił on profesorów do prowadzenia badań. Doprowadził też do zmian w programie nauczania, łącząc teoretyczną wiedzę z praktyką.
Uniwersytet Harvarda (Harvard University) powstał w 8 września 1636 jako Harvard College w Newtown (wówczas w Kolonii Zatoki Massachusetts, obecnie Cambridge) koło Bostonu jako pierwszy uniwersytet na terenie kolonii brytyjskich w Ameryce Północnej.
Mianem uniwersytetu (zamiast funkcjonującej do tej pory nazwy college) posłużyła się po raz pierwszy Konstytucja Massachusetts z 1780.
Na początku XIX szkołę zreformowano, głównie za sprawą George'a Ticknora. Gdy w 1823 na uczelni doszło do zamieszek, wydalono z niej 43 z 70 studentów. Ticknor, przeciwnik 20-tygodniowych wakacji letnich, zmusił studentów do uczestniczenia w kursach wbrew ich zainteresowaniom[].
Nazwę otrzymał od nazwiska duchownego purytańskiego, wielebnego Johna Harvarda, który był pierwszym darczyńcą uczelni, wówczas będącej college'em. Harvard łożył na utrzymanie szkoły, od momentu jej powstania do swojej śmierci. W testamencie zapisał jej swoją bibliotekę i połowę majątku.
Harvard składa się dziś z dziewięciu wydziałów, poniżej wg daty powstania:
W 1999 Radcliffe College został przemianowany na Radcliffe Institute for Advanced Study.
W 1771 mury Harvardu opuściło 63 absolwentów[].
Obecnie na uniwersytecie studiuje około 20 tys. osób.
Imię Harvarda szkoła przyjęła w dniu 13 marca 1639. Pierwsze stypendia dla studentów tej uczelni ufundowała w 1643 Ann Radcliffe. Studenci wielokrotnie protestowali przeciwko złemu żywieniu, np. w 1766 doszło do "buntu maślanego", a w latach 1807-1808 do "buntu zepsutej kapusty".
Harvard jest zarządzany przez dwa zarządy – President and Fellows of Harvard College, znany również jako Harvard Corporation oraz założony w 1960 Harvard Board of Overseers. President of Harvard University jest codziennym administratorem Harvardu – wyznaczony i odpowiedzialny przed Harvard Corporation.